| Հնէաբանության բաժին | Հրաբխականության բաժին |
| Հանքաբանության բաժին | Օգտակար հանածոների բաժին |
| Ապարաբանության բաժին | Հանքային ջրերի բաժին |
Հանքաբանության (Միներալների) բաժին
Թանգարանի միներալների բաժինը, բացի գիտական խնդիրներից, ունի նաև ուսուցողական և գեղագիտական նշանակություն։
Ուշադրության է արժանի կիսաթանկարժեք և տեխնիկական ագաթների հավաքածուն՝ ներկայացված կապտա-կանաչա-մոխրագույն հոծ և գնդաձև, ներսում դատարկ առաջացումներով (ժեոդներ), որոնցում հաճախ ձևավորված են ամետիստի մանուշակագույն բյուրեղներ։ Հայաստանում ագաթների հանքավայրերը հայտնի են Տավուշի մարզում՝ Սարիգյուղ և Լոռու մարզում` Տաշիր։
Ներկայացված են նաև քվարցի, լեռնային բյուրեղապակու բյուրեղներ ՝ անգույն, մոխրագույն երանգներով, ինչպես նաև քվարցի մանուշակագույն բուրգաձև ամետիստը (գ. Մարգահովիտ, Լոռու մարզ)։
Կիսաթանկարժեք միներալների շարքում հարկ է նշել կապտա-կանաչավուն փիրուզը (Տավուշի մարզ, Թեղուտի հանքավայր)։ Հնագիտական պեղումներով փիրուզից պատրաստված զարդեր հայտնաբերվել են Հայաստանի տարբեր շրջաններում։ Համարվում է, որ փիրուզը բերում է բարիք և երկարակեցություն։ Քարաղի (հալիտի)խորանարդաձև բյուրեղները բերված են Ավանի քարաղի հանքավայրից (Երևան), արագոնիտի ռադիալ-ճառագայթաձև մեղրագույն և երկնագույն բյուրեղները՝ Արարատի շրջանից և Քաջարանի հանքավայրից, գիպսիկաթնագույն, թերթաձև բյուրեղները՝ Քաջարանի հանքավայրից, բազմանիստ էպիլեյցիտի բյուրեղները՝ Թեժ-լեռից, (Փամբակի լեռնաշղթա), նռնաքարի ռումբոէդրիկ բյուրեղները (Ամասիա), իսլանդական սպատիռոմբոէդրիկ ձև ունեցող բյուրեղը (Ղարաբաղ), անալցիմ միներալի բյուրեղը և ցեոլիտների ճառագայթաձև բյուրեղները՝ Տավուշի մարզից։
Հետաքրքիր են Հայաստանի տարբեր հանքավայրերը ներկայացնող հանքային միներալների հազվադեպ բյուրեղները՝ վարդաձև-թերթաձև մոլիբդենիտի (Քաջարան), գալենիտի խորանարդային (Լիչքվազ–Թեյ), օրբիկուլյար կառուցվածքի քրոմիտի հանքանյութի (Շորժա), խորանարդաձև պիրիտի (Դաստակերտ), ծարիրիմիներալի (անտիմոնիտ) պրիզմատիկ նմուշները։
Թանգարանի միներալների հավաքածուն ներառում է նաև արտասահմանյան երկրներից բերված միներալների նմուշներ՝ պիրիտի խորանարդաձև բյուրեղ և բնածին պղինձ (Քեդաբեկ), վերմիկուլիտի թերթաձև բյուրեղ,աստրոֆիլիտի ասեղնաձև բյուրեղներ, ապատիտի պրիզմայաձև բյուրեղ, էվդիալիտի բյուրեղ, դիստենի (կիանիտ) ռադիալ-սյունաձև բյուրեղներ (Կոլա թերակղզի, Ռուսաստան), ֆլոգոպիտի – փայլարի թերթավորված բյուրեղ (Ալյուդյանկա հանքավայր- Բայկալ, Ռուսաստան) և այլն։
Միներալների բաժնում առանձնահատուկ հետաքրքրություն է ներկայացնում միներալների հայտնի մասնագետ, հայ ժողովրդի երջանկահիշատակ զավակ, պրոֆեսոր Ա.Դիլդիլյանի կողմից ՀՀ ԳԱԱ ԵԳԻ թանգարանին նվիրաբերված միներալների հարուստ հավաքածուն։ Այն ներառում է տարբեր երկրներից հավաքված, այդ թվում շատ հազվագյուտ, եզակի միներալներ և բյուրեղներ։ Հավաքածուն կարող է պատիվ բերել աշխարհի շատ երկրների երկրաբանական թանգարաններին։