Համաձայն ընդունված կառուցվածքի, Երկրաբանական գիտությունների ինստիտուտը կազմված է հետևյալ ստորաբաժանումներից Գեոդինամիկայի և երկրաբանական վտանգների լաբորատորիաԳեոարխեոլոգիայի և գեոմոնիտորինգի լաբորատորիաԼիթոլոգիայի և ռեգիոնալ երկրաբանության լաբորատորիաՀրաբխագիտության լաբորատորիաՀնէաբանության և շերտագրության լաբորատորիաՕգտակար հանածոների լաբորատորիաՊետրոլոգիայի և իզոտոպային երկրաբանության լաբորատոիաՀիդրոերկրաքիմիայի լաբորատորիաՔիմիական լաբորատորիաԵրկրաբանական տեղեկատվական լաբորատորիա և ԳրադարանԵրկրաբանական թանգարան